新一代基因表达分析神器NetworkAnalyst教程免费领
你曾经为作图而苦恼吗?你曾经因为Figure丑而被导师嫌弃吗?你曾为高颜值的PPi图、火山图、热图、韦恩图 , 弦图和主成分分析图而折服吗?今天笔者给大家介绍一款强大的在线作图神器——NetworkAnalyst 。
网址https://www.networkanalyst.ca/它能够将你知道的高端大气上档次的图一网打尽 。
Networkanalyst是一个进行基因表达分析和meta分析的在线可视化分析平台 , 可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析 , 还可以绘制像PCA、蛋白互作网络图、热图、火山图、韦恩图等高颜值的图片 。
真正做到了一站式的基因表达和meta分析的可视化分析平台 。 可以看到 , 该网站由5个数据上传入口 , 可以根据不同的需求进行选择 , 本次的单元课会对这个网站的功能做最详尽的介绍 。
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差异分析
基因差异表达分析 , 作为根据基因表达矩阵进行生物信息学分析的第一步 , 有助于我们观察基因在不同样本中的表达差异 , 从而确定要研究的基因和表型之间的联系 , 是最常见的生信数据挖掘分析策略之一 。
虽然GEO数据库提供了官方在线工具GEO2R , 用于比较2组或多组样本以获得差异性表达的基因 , 但该工具主要是对系列数据(series)进行分析 , 并非所有系列数据都能用GEO2R工具进行分析 , 比如测序数据就不能使用GEO2R , 对于这类数据 , 工具栏中的“AnalyzewithGEO2R”按钮不会显示 。
Networkanalyst提供3种差异分析的方法——limma、edgeRs和DESeq2 。 Limma用于分析芯片数据;EdgeR和DESeq2用于分析测序数据;在NetworkAnalyst数据库中 , 当样本数≥50时 , 不可以用DESeq2 。
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网络分析及功能分析
富集是指将基因按照先验知识 , 也就是基因组注释信息 , 对基因进行分类的过程 。 基因经过分类后 , 能够帮助认知寻找到的基因是否具有某方面的共性(如功能、组成等等) 。
【新一代基因表达分析神器NetworkAnalyst教程免费领】生物相互作用网络指的是分子与分子之间的相互作用网络 , “分子”包括基因、RNA、蛋白、药物等 。
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种类繁多的图片完全能满足生信可视化的内容 。
多个数据集整合分析
介绍完单个数据集中的基因分析 , 下面来看看多个数据集中的基因分析 。 本网站可完成对多个不同研究的表达谱数据的统计分析 , 并进行可视化 , 最终得到交互式热图、Venn图和3DPCA图 。
对于本数据库中涉及的荟萃分析部分 , 相当于多个单个数据集的叠加 , 可以在熟练掌握单个数据集分析流程后 , 练习使用荟萃分析 。 荟萃分析对样本以及样本的均一性有一定要求 。
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之前对这件神器还不熟悉的小伙伴 , 学完本次的单元课 , 就能直接在下篇论文里试试NetworkAnalyst的强大功能啦 。
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