诊断困难的病例有萎缩瘢痕带和没有特有变形的（1）多发的阿弗他病变、（2）多发不规则溃疡的、（3）单发溃疡、（4）炎性息肉主体的、（5）伴有狭窄的溃疡等病变 。 关于多发的阿弗他病变 ， 有报告显示 ， 只在升结肠的阿弗他样病变中通过活检培养进行了诊断 。 阿弗他病变可见于横结肠和乙状结肠 ， 有5个月后形成比较典型的结核病变的报告 。 在只看到阿弗他样病变的情况下 ， 很难与其他炎症性疾病进行鉴别 。 关于多发不规则溃疡病变 ， 如果认识到上述的不规则糜烂、溃疡的特征 ， 就可以进行诊断 。 由于溃疡周围有明显发红的不规则溃疡 ， 内镜诊断很困难 。 胸部X线有活动性肺结核 ， 有能够诊断的病例的报告 。 关于单发溃疡的病变 ， 肠结核的特征是溃疡多发 ， 在单发溃疡的情况下很难诊断 。 在亲身经历的病例中 ， 也发现了单发溃疡 ， 边缘像堤坝一样隆起 ， 很难与癌鉴别的病例(图1e)。 关于炎性息肉主体的病变 ， 诊断较少 ， 有经验的话诊断很容易(图1f) 。 伴有狭窄的溃疡等病变 ， 由于得不到口侧的信息 ， 所以诊断困难 。 有时在灌肠中可以简单地进行诊断 。 由于明显的狭窄 ， 诊断困难 ， 被误诊为癌 ， 进行了手术的报告 。
确定诊断
【肠结核的内镜诊断详解 | 内镜集锦】怀疑结核时 ， 在进行活检的同时进行活检培养和PCR 。 便培养中的检出率在10%以下 ， 但是活检培养中的阳性率为30~90% 。 但是 ， 到判定为止需要很长时间是其缺点 。 另外 ， PCR的灵敏度为67%， 没有预期的那么高 。 如果在组织学上从病变部位检测出干酪性肉芽肿 ， 就可以诊断为活动性肠结核 ， 但是在活检中几乎没有检测出 。 非干酪性肉芽肿接近半数 。 如果能够否定Crohn病等呈现肉芽肿的疾病 ， 就有充分的诊断价值 。 结核菌素反应也有90%呈阳性 ， 作为辅助诊断是有用的 。 T-Spot与结核菌素反应相比 ， 具有特异度高、不受BCG接种影响的优点 。 在怀疑为肠结核的情况下 ， 不仅应该拍摄胸部X线 ， 还应该拍摄胸部CT ， 也可以看到溃疡不典型 ， 以胸部的检查为契机可以诊断为肠结核的病例 。

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