『技术』银湾细胞:自主研发高通量、多通道单细胞测序设备
银湾细胞(InOneCell)的CEO兼创始人林巍博士告诉动脉网 , 最初接触到单细胞测序是在2014年 。 彼时 , Bulk RNA测序还是细胞活检组织转录组研究的主要手段 , 通过将组织中RNA释放出来 , 然后进行全转录组的高通量定量检测 。
“2012年美国上市公司Fluidigm推出了C1系统 , 96个单细胞腔体的Smart-Seq cDNA建库解决方案 , 使得对96个细胞进行RNA测序和定量成为可能 。 我有一种强烈的直觉 , 对于成千万上亿的细胞而言 , 仅取96个采样细胞测定来描述细胞特性是有局限的 , 但有精细的检测已足够令人兴奋 , 一旦细胞通量提高到成千上万 , 那么单细胞测序的应用场景就会有无限可能 。 ”林巍博士回忆道 。
在接下来的3年多 , 正如林巍博士预料 , 高通量单细胞测序新技术的快速发展使得该领域推进到当前这样一个市场引爆点 。 单从科研服务的全球市场规模来看 , 已经达到了每年5-6亿美元 , 并且还在以每年17%左右的增长率迅速增长 。
2016年 , 10x Genomics推出了首款单细胞高通量测序仪器Chromium , 从设备层面实现了单细胞高通量cDNA建库 。 该企业在Nasdaq上市 , 目前是单细胞基因测序领域的旗舰企业 , 2020年初市值曾高达100亿美元 。 同时期 , 林巍博士所在实验室也启动单细胞测序项目开发 , 并与合作者陆续发表了基于液滴高通量单细胞技术框架应用的相关研究论文 。
团队:化学生物学背景与光电测控技术背景联合
创立银湾细胞之前 , 林巍是清华大学计算机生物学博士 , 随后在美国国立卫生院癌症研究所担任博士后 , 曾先后担任美国财富500强政府咨询公司SAIC资深研究员 , 冷泉港功能基因组实验室资深生物信息专家 , 并且在德州达拉斯贝勒医学中心免疫研究所课题组主任(独立PI) 。 他曾在《Nature》《Science》《Cell》等顶级杂志中以主要参与人身份发表多篇论文 , 是单细胞系统开发和应用专家 。
本文插图
【『技术』银湾细胞:自主研发高通量、多通道单细胞测序设备】
银湾细胞CEO兼创始人林巍博士
团队另一技术核心成员王春明博士是林巍博士贝勒医学中心免疫研究所博士后 , 在生物信号检测、微流控芯片技术实施 , 二代深度测序在生物医学领域的应用开发等领域有着多年的研究经验 。
2016年 , 林巍博士携团队在贝勒医学中心的实验室首次产生高通量单细胞测序数据 , “早期我们使用的是那种组装的开放式系统来生产数据 , 把微流控系统、试剂盒 , 各种技术模块组合起来 。 ” 林巍博士描述道 , “这些开放的平台提供科研服务绰绰有余 , 而且灵活性很高 , 但从终端缺少相关特殊实验技能的用户角度来看 , 如果能够有整机一体化的设备 , 则使用更为便利可靠 , 受众更广 。 就像Illumina NGS设备在临床检验扮演的角色一样 , 单细胞测序快速建库设备的投放、相关检测成本的降低 , 以及大规模临床检测应用场景的出现是行业发展的必然趋势 。 ”
2018年初 , 林巍博士团队回到中国 , 与西北大学国家微检测工程中心合作进行单细胞测序 。 中科院西安光机所团队的加入使得系统优化和整机一体化设备的实现更近一步 。 “团队一部分是化学生物学背景 , 另一部分是光电测控技术背景 。
从产业链的角度来看 , 无论是整机一体化、微流控芯片、反应微球等试剂耗材的生产 , 还是生信分析服务均有极大优势 , 可以全方位切入单细胞测序领域 。 ”林巍博士介绍道 。
更重要的是 , 来自于中科院西安光学精密机械研究所光电跟踪与测量领域多位资深专家和高级工程师加入了团队 。 经过短短一年的尝试 , 林巍博士团队的单细胞设备研发就取得阶段性成果 。
与此同时 , 团队还发表了单细胞转录组智能识别论文 , 并启动肿瘤单细胞图谱计划 , 2019年6月 , 推出了首款高通量、多通道检测的单细胞cDNA自动化建库设备样机 , 林巍博士与包括希望之城转化基因组研究所、Scripps研究所、索尔克研究所、上海交大仁济医院、中南大学湘雅医院的国内外多家知名科研和临床机构建立了深度合作 。
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