独家放送! 基础临床科研 Top8 研究热点全解析!(上)( 四 )


ac4C RNA乙酰化:在RNA ac4C修饰酶的作用下 , 使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰 (N4-acetylcytidine)。 前期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上 , 导致Watson-Crick碱基热稳定性增加 , 调控蛋白合成中的编码准确性 。 近期研究发现ac4C分布在人类转录组中 , 大多数位点出现在编码序列 (CDS) 内 , 并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达 。ac4C RNA乙酰化相关实验技术
acRIP-seq是目前研究此修饰比较常用的方法 , 大概原理是将乙酰化 RNA 特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育 , 抓取有乙酰化修饰的片段进行测序 , 将 RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上 , 并结合RNA-seq 数据从而计算样本中RNA乙酰化程度及其对RNA表达水平的影响 。
独家放送! 基础临床科研 Top8 研究热点全解析!(上)
本文插图
细胞是生命的基本单元 , 单细胞测序的对象是单个细胞内的DNA或RNA 。 传统的研究方法是在多个细胞水平进行的 , 最终得到的信号值是多个细胞的平均值 , 而每个细胞并不是完全一样的 , 丢失了组织“异质性”的信息 。 而单细胞测序能够将样本组织块消化分离出单个细胞 , 对单个细胞进行基因表达分析 , 从而使研究更加精细 , 目标指向更加明确 , 检测出混杂样品中无法得到的异质性的关键信息 , 此信息对于疾病发病机理的解释至关重要 。针对单细胞测序技术 , 过去的十多年时间里主要解决了两大技术问题 (单和少), 即细胞单个的问题、单个细胞遗传物数量少的问题 , 单细胞测序技术则解决了这两个难题 , 从而必将迎来此研究领域的应用大爆发 。

目标细胞一共分多少群 , 每个群对应哪种细胞?
如何定义新的细胞类群 , 已知的某类细胞是否可分成几个亚群?
每个细胞群/亚群的marker基因?
不同样本(病人)间的细胞构成有何差异?
细胞构成和基因表达差异与表型的关系?药物处理细胞后的细胞分化情况 , 不同细胞类群的致病能力如何?
某些肿瘤细胞系成瘤能力为什么不稳定 , 哪些细胞影响成瘤能力?
药物剂量效应在单细胞群体上的反映如何?
不同基因操作后的表型如何?影响组织细胞类群如何变化?
对于不直接杀伤细胞的药物 , 其治疗效果是否可以通过单细胞类群的区分来体现?
临床多种药物可以使用 , 什么药物对什么类群的细胞最有效?联用的药物分别针对的细胞类群是什么? 获得高质量的单细胞测序数据离不开单细胞样本的制备 , 单细胞分离的平台主要有基于 microwell 的微孔板芯片泊松分布实现单个细胞的分离和基于微流控 Droplet 技术分离单个的细胞 。BD-Mircowell 技术:大概原理是20 万个微孔的尺寸被设计成一个微孔恰好可以容纳一个 bead(磁珠) , bead 上连接逆转录引物 , 引物主要包括以下几个部分 :