实干|他是李鸿章幕后的神秘人物，一生勤勉实干却仍沦为时代的悲剧( 三 ) 神秘人物|幕后|悲剧|李鸿章|时

推行新政，改良社会经济
甲午惨败之后，随着李鸿章的死去，失去靠山。他也似乎从曾经“中体西用”的迷梦开始渐渐走出来了。周馥的后半生，不再是幕僚，开始担任主政一方的封疆大吏。
而他所做更多的是为清政府推行新政、编练新军、举办巡警；进行经济改革，振兴商务，发展民族资本主义工商业；倡言废除科举，更新学制，创办新式学堂作出了努力。
【实干|他是李鸿章幕后的神秘人物，一生勤勉实干却仍沦为时代的悲剧】《辛丑条约》签订后，周馥旋即被派往山东任巡抚，收拾那里的残局，并为清政府推行新政。
基于山东地理位置重要、幅员广阔、人口众多、教堂林立、路矿繁兴的状况，周馥首先从编练保甲入手。于各州县选择要地设立保甲局，遴选有名望的绅士担任局董。
为了保障保甲制度的顺利推行，他还制定了赏罚严明的措施，以安抚地方，压住乱源，为推行改良经济的措施创造社会环境。
保甲措施见成效后，周馥随即将主要精力投入到经济改良当中，其主要措施有开办学堂、劝农、通商、兴工、采矿等事，并聘请教师进行教导，集资设立公司等。
为了扭转基层社会的贫困局面，周馥因地制宜大力发展山东特色产品的出口贸易，为民众开利源，最典型的就是山东盐运销俄国海参崴的远程跨国贸易。

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周馥还着手从增开商埠来推动内地贸易的发展，他看到山东沿海通商口岸先前只有烟台一处，位于省城以东的潍县及长山县所属的周村，皆为商贾荟萃之区，两处又都为胶济铁路必经之道，因此将潍县、周村一并开作商埠，作为济南分关。这三地开埠通商之后就打破了德国的势力范围，有力地推动了三地社会经济的发展。
1904年10月，周馥调任署两江总督兼南洋大臣，从发展经济、调和社会矛盾、增强军备、提倡教育等多个方面改善地方民生，巩固了江苏、安徽、江西三省作为清政府财政命脉的地位。
合并南北海军编练新式陆军
甲午战争和义和团运动的惨败在身历其事的周馥心中留下了不可磨灭的印记，在他看来，不增强军备就无以应对外来横祸。
周馥先是主张南北洋海军合并。这种南北分制的格局起源于海军创办初期，当时因财力问题，清政府先创办了北洋海军。
因投入财力较多，北洋海军规模较完备，装备较精良，而南洋海军则因陋就简，规模未备，人才匮乏。
同时，他考察各国水师、陆军，发现其都号令整齐、联合一气，虽然也有分合聚散，但都是统一管理。为了复兴海军和海防布置的便利，周馥提出南北洋海军应联合编成一队，由专员统率，以便号令整齐。