此时的皇位继承人问题显然就被摆上了台面，甚至其后还发生了秦王朱樉（嫡次子）僭越规制之事，连秦王王妃都被朱元璋赐死；晋王朱棡也有不臣之举。最终，马皇后所出的秦王、晋王都没有竞争过朱标太子的次子朱允炆。朱元璋对朱允炆十分喜爱，最终还是选择了册立他为太孙，也就是钦定的继承人。


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而随着秦王朱樉、晋王朱棡的相继去世，此时身为四子的朱棣觊觎之心其实也已经显露，在朝鲜使团觐见时的贡马事件上便可见一斑。此事也让朱元璋对他倍加提防，甚至在弥留之际还曾下诏以辽王为尊节制燕王朱棣。在1398年朱元璋去世后，朱允炆登基。与父亲朱标相比，朱允炆明显缺乏政治智慧政治经验，最终也就有了靖难之役中成就了朱棣的结果，而他本人甚至还落得一个下落不明的结局。
在登上帝位之后，朱棣面对流言蜚语，不惜发动了瓜蔓抄进行镇压民间舆论，士人、民众所连累而被杀者数不胜数，至于已经落入自己之手的嫂子、三个子侄，他们的结局可想而知。


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吕氏，在建文帝上位后，被尊为皇太后。而朱棣上位后，在褫夺大哥朱标的帝号同时，也将吕氏的皇太后尊号褫夺，降为"懿文太子妃"，并命她与14岁的徐王朱允熙去看守明东陵。
对于年龄已长的吴王朱允熥，衡王朱允熞，朱棣先是在改封他们为广泽王、怀恩王之后将他们安置于漳州、建昌，后终是心中惴惴不安又将他们二人幽禁凤阳。不过这还远不是二人的最终结局，永乐二年（也就是朱棣登基的第二年）朱棣便急不可待的以二人“弗知省躬，自生疑怼”之名将他们废黜为庶民。1417年，谷王朱穗的意欲谋反，让朱棣大为震动，这也为朱允熥、朱允熞的命运划上了句号。根据当时的史料记载，二人竟然于同年意外暴毙，至于谁是这幕后主谋不言而喻。


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朱标最小的儿子徐王朱允熙，则在被降为瓯宁王后，被敕令与他的母亲吕氏一同为朱标太子守陵（也就是明东陵）。可谁也不成想，这样的一座守卫森严的皇家陵寝，却在永乐四年蹊跷的燃起了一场大火。这场大火过后，成年的朱允熙被烧死，吕氏不知踪迹。
至于不知所踪的建文帝朱允炆，更如一根鱼刺令朱棣如骨鲠在喉。此后的二十余年间，朱棣命人无数次的找寻，甚至郑和下西洋的目的之一也是找寻这个失踪的侄子。
【 登基|朱棣登基之后，如何处置大哥朱标的妻子以及儿子？太过真实】