等兆惠回来之后，乾隆命令成滚扎布出北路，兆惠出西路再次进军围剿阿睦尔撒纳。
但让清军没有想到的是这次进展十分顺利，一是准部自己发生了内乱，二是准噶尔各地痘疫横行，使得准部叛军战斗力锐减，幸存的四处逃亡，叛军不战自溃。
兆惠得知阿睦尔撒纳已潜逃巴雅尔，而此时哈萨克汗又遣使来降，这样一来，阿睦尔撒纳就只能逃往俄罗斯了。
兆惠坚信阿睦尔撒纳就藏在俄罗斯境内，多次派人与沙俄交涉，但沙俄却拒绝交出这位叛酋。
直到乾隆二十二年九月，阿睦尔撒纳病死于沙俄，西伯利亚总督才将阿睦尔撒纳的尸体运到恰克图，乾隆派人检查确认之后才终于放下心来。
第二次平准噶尔之役让清朝彻底消除了准部的威胁，而给准部带来的打击也是毁灭性的。
据清朝史家赵翼记载“妇孺悉驱入内地赏军，多死于途，于是厄鲁特种类尽矣。”
【 种族灭绝|1757年清朝平准噶尔战争有多惨烈？学者：准噶尔被种族灭绝了】准噶尔，这个曾经辉煌的汗国，终究被清朝所灭亡。

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