隋代高僧智??????在此创立天台宗。影响远及国内外。鉴真东渡时曾朝拜国清寺。日本留学僧最澄至天台山取经，从道邃学法，回国后在日本比叡山兴建延历寺，创立日本天台宗，后尊国清寺为祖庭。

该寺曾驻锡不少有名高僧，包括唐一行法师、寒山、拾得、济公和尚、日本东密开宗祖师空海大师、日本台密开宗祖师最澄大师等。由此，寺中有不计其数的胜迹和典故，包括乾隆御碑、寺前“一行到此水西流”碑、空海法师纪念碑、中韩天台宗祖师纪念堂、隋梅，以及新塑供奉的五百罗汉像、前中国佛协会长赵朴初先生墨宝、济公。

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