小编嘚啵嘚：《兵贵神速：且看 R 软件绘制高级论文图》是傻大方资讯以迅雷不及掩耳盗铃儿响叮当之势为你带来的，你是继续往下看呢？还是继续往下看呢？健康摘要： 2018-03-08 华大基因 生物学霸 生物学霸 面对科研项目 — 不知如何设计？ 面对海量数据 — 不知如何分析？ 别担心，有华大培训，没烦恼！ 这里有实战经验丰富的生信专家 介绍生物信息分析前沿技术 分享科研项目设计与执行经验 传授数据分析与挖掘的具体方法 为您科研项目成果...

正文开始：

曼哈顿图，学名 Manhattan plot，是全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）的标配，可以展示所有染色体上的不同位置的 SNP 的显著水平，因酷似曼哈顿的海边景色（高楼林立的）所以称为曼哈顿图。

本质上，曼哈顿图是以 SNP 在基因组上的坐标/位置为 X 轴，以显著水平（通常是-log(P)）为 Y 轴的散点图，所以理论上说所有能做散点图的工具都能画曼哈顿图。

但是你想一想全基因组有多少 SNP，然后还要坐成能用来发表的酷炫的样子，像 Excel 这种强（fei）大

（

jin

）

的工具还是算了吧

（

卡死电脑是必然的，然后调整染色体的标签，标注不同的颜色等都很麻烦）……除了是 GWAS 的标配外，你做一个 EWAS 也可以画曼哈顿图，做一个表达分析也可以做一个曼哈顿图，只要是你想要看基因组上不同的位置的都可以做。

由于二代测序技术的发展，测序的价格不断下降，GWAS 研究越来越多得应用于各种疾病的研究中，而用于做曼哈顿图的工具也开始有所增加，比如 Java 程序 Haploview， python 的 geneview 库等。

今天要跟大家介绍的是 R 语言的 2017 年 3 月 20 号更新的 CMplot 包，优点如下：

 

 

操作流程

1

自行下载并安装 CMplot 包

在 R 中 输入 install.packages(「CMplot」)，

然后选择一个镜像，一般选择 China 开头的，离你所在的城市近的就好啦

2

加载 CMplot 包

输入 library（CMplot）

3

准备/读入数据

a<-read.csv（「cmplot.csv」，header=T）

数据的格式为一个至少四列的数据表：

4

一行代码搞定曼哈顿图

CMplot(a)

结果如图所示：

另外 CMplot 还给出了其他形式的图：

环状曼哈顿图

QQ 图

密度图

5

美化曼哈顿图

（已经很美了 T-T）还是说自定义吧

CMplot 的参数及解释 ↓

推荐阅读

导师 | 90 后 | 女博士 | 生物 | 医生

科研 | 论文写作 | 论文作图 | 文献下载

Pubmed | EndNote | Sci-hub | 知网实验 |  WB |  PCR |  细胞 |  免疫荧光

• 学做开发软件，是自学好还是参加培训学校好？
• 七大工业机器人离线编程软件大PK
• 最好的CRM软件长什么样？
• 甲骨文谷歌版权之战，你最常用的软件或许被殃及
• 2018年内蒙古中级会计职称无纸化考试系统题库软件经济法 中级会
• 【科技物理】一个小小的软件就能让编织机秒变3D打印机
• 2018年海南中级会计职称无纸化考试系统题库软件经济法 中级会计
• 孩子偷玩手机防不胜防？中美学者开发算法软件识别“熊孩子”
• 中国首颗软件定义卫星“天智一号”将于下半年发射
• 孩子偷玩手机防不胜防？ 中美学者开发识别软件