从物理分子到生物分子,我们能看见什么?
来源:“中国科普博览”公众号(ID:kepubolan)
作者:林丽莎
从物理分子到生物分子
《生命是什么》是出自物理学家薛定谔的经典之作 分子生物领域的“汤姆叔叔的小屋”
薛定谔在书中提到有趣的现象,比较了物理和生物意义上的分子,并对生命的奇妙惊叹不已。物理学的定律是以原子统计力学为根据的,例如,当一滴墨水进入一杯纯水,我们看到的扩散现象是数量众多“墨原子”的行为运动的平均化表现;当揭开一锅沸水的锅盖时铺面而来的水蒸气也是无数“水分子”的集体表现。当然我们是看不见也感受不到分子的,但假设我们的肉眼能灵敏到足以看清楚一个分子的运动,那它将是上蹦下跳毫无章法的,研究没有规律可循的单个分子似乎没有意义。
布朗运动示意图,受水分子的撞击的分子做无规则运动(图片来自网络)
然而在生命科学领域,分子水平的研究可是热火朝天,有科学家认为,将过去半个多世纪生命科学的主要进展概括起来就是: 生命过程可以在分子水平上得到解释。
镰刀形红细胞贫血症是一种典型的点突变引起的遗传病,仅仅是编码血红蛋白的基因上的一个碱基的改变,就使得编码产物异常----血红蛋白β链的第6位谷氨酸被缬氨酸所代替,从而引起了红细胞的变形、功能异常。
正常红细胞(左)和镰刀形的异常红细胞(右) (图片来自网络)
疾病的发病机制是什么?从现象到本质,从个体、系统、器官、组织、细胞再到分子和原子,这种刨根问底式的追问不可避免地把科学研究带入还原论(当然这种方法是必要不充分的),现代分子生物学应运而生,物理化学技术手段的发展也日新月异。
现代生物学实验室摆放着各种各样的大小型仪器,科学家通过检测各种替代指标或标记来研究看不见的DNA和蛋白质等分子,如检测某物质的特殊官能团在某个波长处的紫外吸光度、放射性同位素标记的目标物的放射性、荧光分子标记的目标物的荧光等等,这是一个把不可能变成可能的过程。
如何看见分子的显微世界?
科学家和大众相似的一点可能是,大家都认为最直观的莫过于“眼见为实”。但是 肉眼分辨率一般只有0.2毫米(mm)
微观世界各物质的大小尺度(图片来自网络)
怎样才能看清楚分子?我们要解决眼睛观看能力的问题,但眼睛的结构不容易也没必要改造(请相信,我们的眼睛设计已经是精巧绝妙恰到好处了,设想看到皮肤上遍布的细菌多么令人不安,更甚者当眼睛具有超强分辨率连空气分子都能看到,那就“分子障目不见泰山”,许许多多干扰将使眼睛失去目标,看见了一切反而什么都没看见)。
所以,我们的眼睛需要一个工具,以满足研究需要,在生物物理学家施展拳脚的大舞台里,显微镜不断地升级,华丽变身。
自从17世纪人们发明显微镜,生物医学取得了巨大进步,尤其在感染性疾病方面找到相应的致病原----细菌等微生物。光学显微镜和我们的眼睛一样以可见光为光源(看的介质),通过它我们能观察原本无法看见的细胞,但普通光学显微镜的最佳分辨率为 200纳米
光谱及其波长(图片来自网络)
由于具有更短波长, 电子显微镜的分辨率可达到0.2纳米
另一方面,通过降低温度减少分子的无规则热运动,也能达到清晰观测的目的,例如,制备成分子排列整齐规则的晶体,有助于获取规则结构的图像,伽莫夫的“给分子拍照”的漫画形象地说明了这一点(下图)。
温度对晶体成像观察的影响(A 绝对温度,B室温,C熔点)(《从一到无穷大》)
几个世纪过去了,一直到2017年,诺贝尔化学奖颁发给3位生物物理学家,以表彰他们对 冷冻电镜 使人类能在一定条件下看到天然状态下的生物大分子,甚至精细到原子分辨率!
随着显微镜技术的发展,越来越多生物大分子的结构被精确解析,这些基础研究成果将会为进一步应用(尤其是临床应用)做铺垫,未来生命科学走向何方,让我们拭目以待。
参考书目
1. G.伽莫夫:《从一到无穷大》,科学出版社,2002;
2. 埃尔温?薛定谔:《生命物理学讲义》,北京联合出版公司,2017;
3. 翟中和,王喜忠,丁明孝:《细胞生物学》,第四版,高等教育出版社,2011;
4. 菲利普?鲍尔:《分子》,译林出版社,2017;
出品:科普中国
制作:中国科学院昆明植物研究所 林丽莎
监制:中国科学院计算机网络信息中心
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