10x Genomics助力攻克登革热病毒( 二 ) ：10xGenomics助力攻克登革

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图3
第三步，找到并验证体内T细胞活化和代谢潜能的生物标记物
通过验证多种生物标记物之后，发现TfR1和CD98的表达以及BODIPYFL-C16的摄取相对于其他T细胞活化的标志物具有较大的动态范围和持久性，并发现克隆CD8+T细胞的抗原特异性活化可以通过结合传统的活化标记物、代谢转运体和荧光代谢底物进行定量和功能表征。

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图4
第四步，是否可以用这些相同的标记物来分析体内活化的疫苗反应性T细胞的功能异质性？
1）发现
通过对接种tack-003疫苗0天、14天、28天以及120天的个体中的CD38/HLA-DR的T细胞进行比较，结果表明尽管CD8+的T细胞在接种后28天后达到峰值，但是TfR1以及CD98的表达在第14天就达到了峰值，这预示着这两种蛋白可以比传统的基因标志物能更早的指示疫苗接种后T细胞的免疫反应。同时也发现TfR1在CD38/HLA-DRT细胞中有很大的变异性如图d ，这表明， TfR1表达的异质性可能反映了之前在单细胞转录组数据中的疫苗特异性的CD8+T细胞的功能多样性，并可用于更严格地识别效应因子/记忆前体CD8+T细胞。

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图5
2）验证TfR1在体内活化的CD8+T细胞表面表达的差异是否可以用来确定其效应/记忆潜能？
选取了前面单细胞分析中的同一个个体样本，在接种疫苗后14天后对TfR1+HLA-DR+CD8+T细胞进行流式分选，将分选到的细胞通过10xGenomics平台进行5’免疫组库分析以及T细胞V（D）J区全长测序，一共捕获到了117个细胞，得到80种TCR的Clonetype 。将这些Clonetype与前面120天中得到的具有NS1-和NS3-特异性的细胞clonetype进行比较，发现其中有31种Clonetype具有NS1-特异性， 24种具有NS3-特异性，也就是说通过CD38/HLA-DR分选得到的T细胞中有47%的细胞的clonetype是和接种后120天中的T细胞是一致的，这个比例大概是通过CD38/HLA-DR筛选到的T细胞的4倍。

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图6
同时将这些细胞的转录组数据和和之前通过CD38/HLA-DR筛选到的T细胞的转录组数据进行合并，发现这些细胞cluster5完美的包含在我们前面提到的cluster1中，而cluster1这群细胞是我们在结论3中认为在tack-003疫苗刺激后14天后，其中有一个独特的CD38+HLA-DR+T细胞亚群可以发育成长为持久的记忆细胞。并且cluster5集中的位置也刚好是NS1-和NS3-特异性T细胞集中的部位，这就表明TfR1的表达是鉴别和分离疫苗特异性CD8+T细胞的一个可靠的标记物，这些细胞富含效应/记忆潜能。

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图7
——文章启发——一、选材好，选取登革热疫苗题材对人类的生存发展有重大意义。
二、10xGenomics的5’V(D)J免疫组库可以对同一细胞实现转录组和全长V(D)J的检测，文章中的V(D)J的组装效率高达99% ，组装效率也没有因为细胞数量过少造成检测灵敏度下降（文献的细胞数量只有116个），完全证明了10xGenomics公司的Chromium平台的绝对实力。
三、研究思路清晰，能够在已得结论的基础上层层深入。