1、游戏一共分为5+1层，每层都会有一些固定关卡和随机关卡 。
1层：蜜饼洞穴，最后一步必定为商店 。
2层：蜜饼山脉，最后一步必定为补给 。
【明日方舟灰蕈迷境有几关 明日方舟灰蕈迷境一共几层】3层：千条道路，最后一步必定为boss战 。
4层：云霄迷宫，最后一步必定为补给 。
5层：真菌神殿，最后一步必定为boss战 。
6层(特别结局专属)：意识帝国古老疆土，关卡顺序固定为商店，安全屋，紧急作战，boss战 。
2、每一步都可能是以下事件中的随机一个 。
作战(普通关卡)，紧急作战(高难度关卡)，险路恶敌(boss战)，诡意行商(商店)，不期而遇(随机事件)，补给品(获得一个收藏品)，安全屋(随机的补给)，休闲娱乐(付出一定代价获得补给) 。

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