1)未在2-4°C (≤4 天)或-70°C及以下保存的样本
2)以上未列的其它不当样本
(六)核酸提取
RT-PCR扩增效能依赖于样本模板RNA的质与量 。RNA提取操作需经过检验核酸的纯度合格之后,再用于样本实验 。商业化的操作程序中包括QIAamp® 病毒RNA提取试剂盒,RNeasy®小试剂盒 (QIAGEN公司),罗氏MagNA Pure Compact RNA分离试剂盒, MagNA Pure LC RNA分离试剂盒II, 和罗氏MagNA总核酸纯化试剂盒,在推荐的操作程序下,可提取高纯度的RNA 。
(七)免责声明:提到的厂家名仅用作举例,并不表示疾控中心认可 。
二、实验材料
(一)试剂
1、一步法荧光定量RT-PCR探针试剂盒;
2、分子级无菌蒸馏水 (无RNA酶和DNA酶);
3、正反向引物 (40μM);
4、双重标记探针(10μM);
5、阳性对照 。
(二)供给
1、实验室标记笔;
2、微量离心管格栅,96孔0.2ml PCR反应管;
3、20μl 和 200μl 可调节移液器及滤芯枪头;
4、0.2ml PCR 反应管盘;
5、光学反应盖板;
6、无菌,无核酸酶的1.5 ml微量离心管;
7、一次性无粉手套 。
(三)仪器设备
1. 微量离心机;
2. 漩涡振荡器;
3. 实时荧光定量PCR检测系统,含96孔的热循环反应板 。
三、操作程序
(一)准备工作
1. 避免样品污染
由于fluorogenic 5’核酸酶测定的敏感性,应特别注意假阳性产生 。推荐以下预防污染的方法:
1)实验准备与核酸提取使用独立区域;
2)实验准备与核酸提取使用专用设备(如移液器,微量离心机)和耗材(如微量离心管,吸头);
3)实验开始后穿清洁工作服,并使用新的一次性无粉手套;
4)不同样本操作之间,以及怀疑可能污染的情况下均更换手套;
5)试剂和反应管的盖子应尽量关闭 。
2、仪器准备
工作台、移液管、离心机必须清洁,用去污剂净化,例如5%的漂白剂、“DNAzap”或者“RNase AWAY®”来减小核酸交叉污染的风险 。
3、试剂准备
注意:在试验过程中,保持所有的试剂在冰架上保持低温 。
1)引物和探针
(1)分装好的冰冻的引物和探针进行融化(已融的探针避光2-8℃可保存多达3个月,不要对探针反复冻融);
(2)涡旋振荡引物和探针;
(3)瞬时离心引物和探针,之后置于冰架上 。
2)Real time RT-PCR的试剂
(1)将Master Mix和酶置于冰架上;
(2)融化2×的Reaction Mix;
(3)颠倒混合2×的Reaction Mix;
(4)瞬时离心2×的Reaction Mix和酶,置于冰架上 。
4、对RT-PCR的每一步过程均进行检测
1)每个样品的RNA提取物通过分别的引物和探针进行检测:InfA, swFluA, Swine H1 (swH1) 和RNaseP (RP) 。RNaseP引物和探针是以人的RNaseP基因为靶基因的,因此对于人的核酸可以作为内部阳性对照 。
2)对于每一个过程中包括的所有引物和探针,均设立无模板对照(NTC)和阳性模板对照(PTC) 。
3)人类样本对照(HSC)提供了次级阴性对照,以便确认核酸提取过程和试剂的完整性 。
5、建立反应
反应检测混合物充分混合后加入到96孔板中 。然后在适当的实验反应和对照中,加入水和提取的核酸或者阳性模板对照(PTC) 。
1)为每一个引物和探针标记一个1.5ml的微量离心管;
2)对每一个建立的反应确定反应数(N) 。考虑到NTC、PTC、HSC反应和吸量误差,制备过量的反应混合物是必要的 。具体如下:
(1)如果包括对照,样品的数量(n)为1到14,那么N=n+1;
(2)如果包括对照,样品的数量(n)大于15,那么N=n+2 。
3)Master Mix:计算加到每个引物/探针反应混合物中的各个试剂的量 。计算如下:
* 体系建立请参照所使用试剂盒供应商所提供的使用说明 。
4)加入水之后,通过上下吹打混匀反应混合物,不要涡旋振荡 。
5)离心5s使混合物聚集管底,然后将管子置于冰架上;
6)准备板状的反应管子或者96孔板,置于冰架上;
7)每一个master mix吸取20μl到每一孔中,每排按顺序进行,如下图:
实验建立举例:
实验样本举例:
注意:在任何样本被加入之前,应该首先加入阴性模板对照(NTC)(第1列),用来检验master mix中的污染 。HSC应该在待测样本之后加入(第11列),用来检验在样本准备或者加入过程中的交叉污染 。阳性模板对照(PTC)应该在所有样品和阴性模板对照(NTC)之后被加入 。
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