除了参与自噬，ATG基因如LC3在吞噬（phagocytosis）作用中也扮演了一些角色（LC3-asscociated phagocytosis, LAP）。LAP与自噬的区别在于：
（1）LAP是针对细胞外物质如细菌、死细胞等；
（2）需要细胞外受体参与；
（3）LAP是单层膜，autophagy是双层膜结构；
（4）参与的ATG基因少于细胞自噬。
在分泌方面，ATG基因也发挥了一定的功能，比如参与炎症因子IL-1β与IL-18的分泌（被称为非传统的蛋白分泌方式），但其详细机制有待进一步阐明。
在胞吐方面，ATG蛋白介导了Paneth cell（潘氏细胞或称帕内特细胞，是小肠内一种少见的细胞，提供宿主防卫微生物的侵犯）与osteoclast（破骨细胞）的分泌颗粒的胞吐。该过程依赖于LC3的标记。另外外泌体的分泌也与ATG蛋白相关。比如ATG5可以促进外泌体的分泌从而参与肿瘤的转移。在代谢过程中ATG蛋白与依赖retromer的转运也有关联。以葡萄糖转运蛋白Glut1为例，ATG的缺陷会明显影响Glut1的转运。另外，ATG还与病毒、细菌和其它病原菌的感染有关。例如丙型肝炎病毒在细胞内的RNA复制场所需要ATG蛋白【10】。
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