除了上述膜运输（membrane trafficking）相关的功能，ATG蛋白还与细胞死亡、细胞周期以及先天免疫有关。

自噬体如何选择性地识别Cargo？一般认为是通过以下三个途径【11】：

（1）Cargo本身带有可与LC3结合的结构域即LIR结构域，在正常情况下LIR被折叠或者受到受到周围氨基酸残基磷酸化的影响保护正常功能的Cargo不被降解；

（2）Cargo首先被泛素等标记，然后通过一个带有可与泛素结合的结构域与LIR结构域的接头蛋白相连；

（3）某些特殊Cargo（与炎症小体或和IFN信号相关的蛋白）与TRIM结合，然后与GABARAP结合。根据Cargo的不同，细胞自噬可以分为aggrephagy, mitophagy, ER-phagy, ribophagy, lysophagy, nucleophagy, lipophagy, xenophagy等。

ATG不仅与细胞自噬中紧密关联，在其它的生物学途径中也发挥出一定的功能，从而在多方面保护机体远离诸如衰老等疾病。当ATG及相关疾病发生突变会导致一系列疾病，其分子机制大概可以分为八个：

（1）调节线粒体自噬的基因（如PARKIN, PINK1）发生突变可以导致遗传性帕金森病；

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