与在更广泛意义上把宫崎骏作为思想者对待的稻叶振一郎相比，赤坂宪雄对《风之谷》的评价更重视其创作过程背后的知识考古学背景。出于日本左翼民俗学对天皇制与政治权力来源的传统关注，赤坂注意到了宫崎骏在《风之谷》中对“风之谷”这一前国家社会的描写与他之前的绘本、漫画作品间的关联。与专注于构筑一个完备的次等世界的漫画版相比，宫崎骏在动画版《风之谷》去除了腐海背后的复杂矛盾，淡化了风之谷居民正走向慢性死亡的惨淡背景，转而着重刻画了以一群可爱的老人为首的风之谷居民如何伺机推翻多鲁美奇亚人的军事统治。这一改编情节的分量在动画版中几与娜乌西卡本人的冒险戏份相当，其内容则几乎完全脱胎自宫崎骏讲述中亚小民族对抗游牧帝国侵略的早期漫画作品《沙漠之民》。
用“小国抗霸”这一更具张力也更为驾轻就熟的主题填补动画改编留下的空白，揭示了作为创作者的宫崎骏与作为动画导演的宫崎骏之间耐人寻味的矛盾关系。如果不在漫画中（半无意识地）思考乌托邦思想面临的种种难题，宫崎骏也无法在动画中勾勒出一个在充满恶意的世界里生动而可欲的“风之谷”意象；然而，受制于工期、商业考量以及动画这一体裁的基本属性，作为动画导演的宫崎骏又不得不把一种已在自己脑海中被全面拷问、却在感情上难以割舍的单纯的乌托邦主义当作编排情节时最经济的选择。赤坂宪雄将漫画家宫崎骏构筑《风之谷》世界观与故事的手法比作陀思妥耶夫斯基文学中的“复调性”（这也与稻叶振一郎的乌托邦论相呼应——有着多种价值观的世界必然是一种确定的乌托邦主义无法容纳的），但在动画版的改编中，只需与漫画内容稍加参照，观者便不难看出宫崎骏在制作动画时对自我表达的明确节制。
通过将复调性的世界构造与单线条的、以明快的情绪为动力的冒险戏剧截然区分，80年代的宫崎骏产出了完成度与商业回报比之前更高的作品。但在他本人看来，这种“盆栽”式的成果未尝不是一种表达上的缺憾。或许正因如此，在今天若以1994年《风之谷》完结为分界点回顾宫崎骏的作品便不难发现，从1997年上映的《幽灵公主》开始，宫崎骏作品的道德色彩变得更为暧昧了。《幽灵公主》中，在室町时代的日本大肆破坏原始森林的炼铁城镇本身染上了现代企业与宫崎骏早期作品中无政府工团意象的色彩，成为麻风病人、女性等受迫害人群的公社；在2001年上映的《千与千寻》中，光怪陆离的澡堂“油屋”既是半奴隶制雇佣劳动与异化的隐喻，也与女主人公在社会意义上的成长密不可分。随着《风之谷》的故事走向终结，曾被宫崎骏小心排除在动画这一媒介之外的那种令他在漫画中无法割舍的复调性终于渗透到了他的主业当中；拜这一变化所赐，宫崎骏作品原本畅快的反现实基调中也加入了一抹更接近现实的颜色。
不过，把复杂而多歧的虚构世界删减成在时间与逻辑上有限的动画电影固然是一种表达的缺憾，把两种看似完全相悖的创作思路糅合在一起也未尝不是如此。虽然在思想性上得到了更多的承认，宫崎骏自《幽灵公主》以来的作品在叙事的完成度上时常不尽人意。某种意义上，越来越复杂的构思令宫崎骏作为叙事家的造诣在21世纪遇到了瓶颈；但正是在这一瓶颈的挤压下，他的创作冲动才能像永动机一样不懈燃烧。由此看来，那个永远在路上、永远不会被现实追上的乌托邦或许不只代表了宫崎骏对乌托邦主义情结的扬弃，也是对这位名副其实的巨匠半个世纪创作生涯的一种隐喻。
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