北府|灭五国诛六帝，他被戏称为“皇帝杀手”，又被誉为“南朝第一帝”( 二 ) 南朝|杀手|慕容超|桓玄|五国

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燕末帝慕容超
破城之后，以广固城久守不降为由，尽杀南燕鲜卑族王公以下三千人以泄愤，而逃走的慕容超也被东晋士兵捕获，并被押回建康街头斩首示众，南燕就此灭亡。而在回军之后，刘裕又平定了趁自己领兵在外而叛乱的卢循、徐道覆等人。
攻灭西蜀政权，成都王谯纵自缢
谯纵出身世家大族，本为东晋安西府参军，义熙元年（405年）正值桓玄叛乱时期，益州刺史毛璩派遣谯纵出兵平叛，结果由于士兵不愿离乡，侯晖与巴西人阳昧联手逼其反叛，攻陷涪城，杀死刺史毛璩的弟弟毛瑾，谯纵自称梁、秦二州刺史。

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同年，谯纵又击败了毛璩的平叛军队，益州营户李腾更是大开城门迎接谯纵军队，之后毛璩和弟弟毛瑷被杀，家族也被屠灭。毛璩死后，谯纵自称成都王，建立西蜀政权。从此，蜀地局势大乱，谯纵之后则向后秦称臣，后秦姚兴则册封谯纵为大都督、相国、蜀王，加授九锡。
义熙六年（410年）九月，谯纵请求后秦出兵讨伐东晋，并出兵两万进犯东晋荆州，后秦姚兴则派前将军苟林率兵与其会和。与此同时，刘裕又平定了占据荆州的东晋宗室司马休之，之后开始积极谋划攻打西蜀。义熙九年（413年），刘裕出兵两万，从江陵出发征讨谯纵，连败西蜀各路守军，同年七月，谯纵放弃程度出逃。

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成都王谯纵
七月初九，东晋军队进入成都，杀死谯纵族人，赦免蜀地百姓。谯纵本想投奔从涪城赶来的谯道福，却被臭骂了一顿，最终上吊自尽，西蜀政权灭亡。
北伐攻灭后秦，杀后秦末帝姚泓
平定内忧外患之后，刘裕开始在东晋积极推行改革，东晋国力得到了一定提升。与此同时，后秦文桓帝姚兴于义熙十二年（416年）去世，姚泓继位为帝，改元永和。姚泓虽然有心治国，奈何后秦此时已经是内忧外患不断，内部叛乱迭起，政权动荡不安。

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眼看后秦动荡不安，东晋国力也有所恢复，刘裕便于义熙十二年（416年）八月发兵，亲率大军分四路北伐，后秦诸屯守皆望风降附，晋军进展神速，同年十月便攻占了洛阳。不过，之后由于北魏出兵十万骚扰，而粮道也被秦将姚绍截断，东晋军队一度极为危险，幸好有当地百姓支持，这才得以继续北伐。
义熙十二年（416年）冬，东晋军队攻占后秦都城长安，姚泓带着妻妾子女向刘裕投降，后被送往建康闹市中斩首，其余宗室则要么被杀，要么被迁往江南，后秦就此灭亡。而当刘裕打算在长安修整时，负责留守后方总览朝政、深受刘裕信任的刘穆之却突然病逝，刘裕不得不率兵南归。