Imagej分析脑缺血体积百分比
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台
脑血管疾病是人类发病率最高的疾病之一，模拟临床疾病，制作较为可靠的脑缺血动物模型显得尤为重要。大脑中动脉栓塞法(middle cerebral artery occlusion,MACO)是常用的制备脑缺血再灌注的模型，线栓造成大脑中动脉供血区供血使脑部发生局灶性供血。
灌注取脑切片后进行TTC染色可评价脑缺血体积百分比。TTC是脂溶性光敏感复合物，为呼吸链中吡啶-核苷结构酶系统的质子受体。TTC与政策组织中的脱氢酶反应呈红色，缺血组织内脱氢酶活性下降呈苍白色，如下图所示：
上图将鼠脑切成6个薄片，缺血区体积比例计算公式为：
缺血区体积比=（各切片白色缺血区面积之和）/（各切片脑片面积之和）x 100%
由此我们需要分别计算每个切片缺血区面积和脑片面积。一般情况TTC染色图片拍摄时应保持背景为纯黑，脑片含水会有反光，可先用滤纸吸干水，可在拍摄同时加上一带刻度的尺子（功能类似为标尺）。因为我们所求的是缺血区的体积比，因此单位的意义并不大。
ImageJ（官网：
http://imagej.nih.gov/ij/
）是由National Institutes of Health（NIH）开发的基于java的免费开源图像处理软件，在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。ImageJ官网的界面Download菜单下用户可根据自己系统下载对应版本软件，ImageJ可适用于Mac OS X，Linux以及Windows系统（不受电脑系统限制）。Imagej软件功能强大，今天给大家介绍使用Imagej软件分析脑缺血体积百分比。
分析步骤
1
打开Imagej软件，File，Open，打开待分析图片
2
计算各脑片面积（分母）将图片转换为灰度图片，Image，Type，8-bit：
点击Image，Adjust，Threshold进行颜色阈值选定。调节颜色阈值选定（红色代表选中）所有脑片：
点击Analyze，Set Measurements，检查已选择Area与Limit to threshold，即只测量阈值选定范围的面积，否则测量的为整张图片的面积：
点击Analyze，Analyze particles：
选择显示结果及汇总，Display results，Summarize。Show选择显示脑片轮廓，点击OK即可获得以下结果：
6个脑片的面积轮廓及序号：
每个脑片的面积（与上面标记顺序一致）：
以及汇总情况：
可知共分析到6个目标，6个脑片的面积总和为30506，即我们计算需要的分母。
3
计算各缺血区面积（分子）重新打开图片，点击Image，Adjust，Threshold进行颜色阈值选定。调节颜色阈值（色度、饱和度和亮度）选定（红色代表选中）所有白色脑缺血区：
点击Analyze，Analyze particles，得到以下结果：
缺血区轮廓及标记的各缺血区面积：
Summary中可知缺血区总面积为9855：
4
缺血区体积比例计算缺血区体积比=（各切片白色缺血区面积之和）/（各切片脑片面积之和）x 100%
缺血区体积比 = 9855/30506 x 100% = 32.3%
扩展
因为计算缺血区体积百分比，故没有进行标尺校正，那么如何校正标尺？
校正标尺：点击Straight工具
、按住Shift在标尺上画直线
Analyze，Set Scale，在已知距离中填入10 μm，选择Global则校正标尺对本次打开所有图片均有效。此时也有Step1中226 x 61 pixels变为下图的40.36 x 10,89 μm。
今天给大家介绍使用Imagej软件分析脑缺血体积百分比，希望对大家有帮助。
- 地磁场为何会倒转？下一次倒转何时来？看详细分析
- 【重磅】2018第十六届新财富最佳分析师评选已进入资格审计阶段，
- 比特币24小时暴跌15%！一度失守6300美元关口，分析师说后市大概
- 大数据分析读懂大一新生
- 【选股】一文读懂猪肉周期和炒作逻辑，兼猪瘟利空全分析！
- 原创课件 | 国地税合并背景下企业不同形式临时用工的风险分析及
- 中国生育地图：各省人均GDP与出生意愿分析
- 黄楚平要求：强化经济分析调度 确保完成全年目标
- 新闻分析：月球有水使其更具“竞争优势”
- 新闻分析：欧洲麻疹疫情“抬头”凸显疫苗接种必要性