1、Introduction of metabonomics/metabolomics,The flow of the “omics” sciences: genomics, proteomics, and metabolomics,Spratlin J.L. , et al. Clin Cancer Res, 2009 January 15, 15(2):431-440,Whats in a name,Metabolome “ refers to the complete set of small-molecule metabolites (such as metabolic intermedi 。

2、ates, hormones and other signalling molecules, and secondary metabolites) to be found within a biological sample, such as a single organism ” Oliver et al., 1998 代谢组“是指基因组的所有下游产物也即最终产物的组合 ， 这些产物是一些参与生物新陈代谢、维持生物体正常功能和生长发育的小分子化合物 ， 主要是相对分子量小于1000Da的内源性小分子,许国旺著. 代谢组学-方法与应用, 科学出版社 ， 2008年第一版:第一章,P1-10,Metabon 。

【代谢|代谢组学介绍】3、omics “measurement of the dynamic multiparametric metabolic response of living systems to pathophysiological stimuli or genetic modification” Nicholson et al., 1999 Metabolomics “.the complete set of metabolites/low-molecular-weight intermediates, which are context dependent, varying according to th 。

4、e physiology, developmental or pathological state of the cell, tissue, organ or organism” Oliver 2002 代谢组学“是通过考察生物体系（细胞、组织或生物体）受到刺激或扰动后（如将某个特定的基因变异或者环境变化后） ， 其代谢产物的变化或其随时间的变化 ， 来研究生物体系的一门科学” 许国旺 2008,Whats in a name,Analytical plat-forms： (1) Nuclear magnetic resonance (NMR);
(2) Gas ChromatographyMass。

5、Spectrometry ( GC-MS );
(3) Liquid Chromatography-Mass Spectrometry ( LC-MS );
etc,Metadata obtain,Tao X.M., et al. Anal Bioanal Chem., 2008, 391:2881-2889,Total ion chromatogram,Data obtain (1) Filtering and peak detection 滤噪、峰检测 (2) Deconvolution 重叠峰解析 （3）Peak alignment 峰对齐、匹配 （4）Normalization 归一化 。

6、,Data analysis and interpretation (5) 非监督的模式识别方法： 利用获取的样本信息 ， 对样本进行归类 ， 并采用相应的可视化技术直观的表达出来 ， 不需要有关样品分类的任何背景信息 。
该方法将得到的分类信息和这些样本的原始信息（如疾病的种）进行比较 ， 建立代谢产物与这些原始信息的联系 ， 筛选与原始信息相关的标志物 ， 进而考察其中的代谢途径 。
常用的非监督学习方法如主成分分析(principal components analysis), 系统聚类分析,主成分分析的基本思想： 对变量X进行线性变换 ， 形成新的综合变量PC；根据实际需要选择2-3个PC进行分析 ， 以达到降维和简化问题 。

7、的作用（多元 二元/三元） PC1=a11X1+a21X2+ +ap1Xp PC2=a12X1+a22X2+ +ap2Xp,许国旺等著. 代谢组学-方法与应用, 科学出版社 ， 2008年第一版:第12章,146-156,PCA scores plot of onset ALL and AML patients,Data analysis (6) 有监督的模式识别方法： 利用一组已知分类的样本作为训练集 ， 让计算机对其进行学习 ， 获取分类的基本模型 ， 进而可以利用这种模型对另一组分类未知的样本进行类别识别 。
常用的有监督学习方法如偏最小二乘判别分析(Partial least squares-discr 。

8、iminant analysis ， PLS-DA) ， 正交偏最小二乘判别分析 ， 费舍尔线性判别分析,许国旺等著. 代谢组学-方法与应用, 科学出版社 ， 2008年第一版:12,146-156,偏最小二乘法分析思想 对变量进行分类：设定p个因变量Y1, , Yp和m个自变量X1,， Xm ， 对两类变量进行建模 。
提取自变量的第一成分T1和因变量的第一成分U1 ， 使T1和U1相关程度达最大, 然后建立U1和T1的回归方程；如果回归方程未达到满意的精度 ， 则用同样的方法提取T2和U2 。
T1=w11X1+ +w1mXm T2=w21X1+ +w2mXm,判别分析思想 应变量为定性变量 ， 且分组类型在两组以上；自变量为 。

9、可测量的度量变量 。
计算（线性）判别式；将自变量代入判别式 ， 计算每个观察样本的判别Z得分 ， 然后根据得分值对其进行归类,The scores t, one vector for each model dimension, are new variables computed as linear combinations of the Xs. They provide a summary of X that both approximate X and predict Y,PLS-DA scores plot of onset ALL and AML patients,Other statistic 。

10、 approaches, such as t test and ANOVA, are alternatives at this step,VIP (variable importance in the projection ) values,The influence of every term in the matrix X on all the Ys. VIP is normalized so that Sum (VIP)2 = K (number of terms in the matrix X). Terms with VIP 1 have an above average influ 。

11、ence on Y,Deviation of each variables from ALL (standard deviations from average,Potential biomarker identification: standard Students t test or ANOVA,Blind prediction test of PLSDA model,Y-Predicted,Three major steps of metabolomics analysis,Spratlin J.L. , et al. Clin Cancer Res, 2009 January 15,。

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标题：代谢|代谢组学介绍