根据中医经络理论，“气”在经络中运行，那么截肢病人的经络和穴位缺失后“气”要怎么运行？感觉大家都没答到点子上

感觉大家都没答到点子上，这是一个从有到“无”的问题。曾经也有做过截肢后隐形经络（痛觉）传感的高振动声和低阻抗试验，证明这些实验指标还是存在，但强度上是有所减弱的，认为这可能与植物神经、肾上腺素等有関。虽说当时是为了解释截肢后幻痛这一情况，其实是中医强行插入“隐形经络”附会的。另外，经络是怎么与脏腑联系的问题目前也只有各方假说而没有定论，截肢到底有多大影响，还需要更多临床数据才能得出结论，目前一般认为走原路。
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时间不多，简单答一下。截肢病人可以依靠侧支循环使血液正常流通。中医经络在这个问题上也有扮演侧支循环角色的东西，就是络脉。经络中纵行的干线称为经脉，由经脉分出网络全身各个部位的分支称为络脉。《灵枢·经脉》：“经脉十二者，伏行分肉之间，深而不见；其常见者，足太阴过于外踝之上，无所隐故也。诸脉之浮而常见者，皆络脉也。”《针经指南》：“络有一十五，有横络三百余，有丝络一万八千，有孙络不知其纪。” 都说十二正经如环无端，这是没问题的，就像血管也是如环无端。但是从经脉中分出网络全身的络脉最后也是要回归经脉的，也就类似侧支循环。截肢后原本的血管不通可以走侧支循环，那么原本的经脉不通不也可以走络脉么。以上。
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不太了解这方面的理论，拿自己的体会说说吧。我的身体总能感受到有一团凉气到处游走，并能以此预测天气，准确率很好的。不知道是不是就是你说的这种“气”。根据我的感觉，这股气是沿着血管流动的，特别是手背和胳膊的感觉尤其明显。所以我觉得血管的位置变了，经络的构型也会随之改变。
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中医对术后感染没什么好办法吧……