人体皮肤、消化道及呼吸道中含有大量的定植微生物 ， 这些微生物在调节人体免疫功能、抵抗病原体定植方面起着重要作用 。 胃部环境虽然苛刻 ， 但除Hp外 ， 胃内仍存在非Hp微生物群落 ， 如链球菌和葡萄球菌 ， 称为胃微生态群 。 Hp感染可影响胃微生物群的平衡 ， 报告显示Hp阴性受试者相比Hp阳性受试者的胃微生态群的多样性更高 。

Hp的黏附和毒力因子是致病的主要原因 。 Hp在胃内定植影响胃部原始细菌的分布和数量 ， 并扰乱微生态平衡 ， 导致疾病 。 例如 ， 与未感染Hp者相比 ， Hp感染者胃中的乳杆菌较少 。 Hp导致微生态失衡主要是因为其产生了抗菌肽cecropin 。 这种肽可以使其他细菌“自体自溶” 。 由于缺乏这些细菌的竞争 ， Hp可以不受控制地进行繁殖 ， 其产生的一系列毒力因子刺激胃上皮细胞 ， 导致细胞凋亡和炎症 。 因此 ， 增加抗生素的剂量或延长抗生素的使用期可能不仅不会提高Hp根除率 ， 还会导致抗生素耐药性增加 。

微生态治疗为Hp根除带来了新思路 。 重塑胃中的微生态平衡可以减少Hp定植 。 中国的一项研究表明 ， 正常小鼠接受Hp悬浮液7天 ， 由此产生的Hp感染率为30%；如果小鼠首先用庆大霉素和阿奇霉素的混合物喂养3天以消除胃内原始微生物群 ， 则7天

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