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这批西医在各冲要路口承担起检疫的重任。“沿边各口凡属北来行旅，须经医士诊断色脉形象，确无疫症者收入留验所，其有身体不甚康健稍涉疑似者，则送入隔离所”。“于车辆初到时，查明系来自疫地或从疫地经过者，立时由医官消毒，指派警士交由检疫所留验”。
担任防疫工作的西医还活跃于各疫点村镇。2月2日，崞县知事向阎锡山报告：轩岗镇天主堂长带领该区疫村人至镇，为村兵所阻，“彼时叶、魏二大夫正在该镇检查，声言须请示上宪惩办”，“又报叶、魏二大夫已到宽滩、神山堡等村检查，据称宽滩似可无虑，神山须一星期后才能扑灭”。《山西省疫事报告书》第三编所载第五类文件为《报告》，其中第一项为《西医报告》，记载有从1月24日至3月30日驻扎各地之西医关于疫情的报告。总之，在山西省的防疫工作中，西医扮演了重要的角色。
在行政组织方面，省一级的防疫的机构有督军公署防疫办公处、省防疫总局和晋北防疫事务所。阎锡山任督军兼省长，因此，督军公署防疫办公处和省防疫总局，其实都在阎一人领导之下。各种机构的设置与功能相当繁杂，兹不赘述。
《山西省疫事报告书》第三编收入的大量电报可以证明大疫期间政府行政的严格与效率。兹就其简短者转引如下。
1月28日，阎锡山电保德知事：
原平镇早已严加防堵，李世方、李世荣等何以得此疫症，系由何处染来，应速查覆。
2月1日，阎锡山电应县知事：
据调查报告，该县东关及贾寨、黄尾子、剪子铺等处，瘟疫甚烈，剪子铺死八九人，即弃尸野外，黄尾子死一人，亦四五日无人掩埋等语，此事关系多数生命，该知事何竟毫不过问，以致传染日烈，实属玩视民命，著先记大过二次，仰即派警迅将疫尸消毒深埋，毋再疏忽，致干严办。
从类似电报中还可知，代县曾知事宝豫办理不力，被“撤任示儆”。处理决定通报国务院、陆军部、外交部、内政部和交通部。右玉县知事因未及时报告疫情，被记过一次。大同镇道警佐沈寿飏“有溺职守”，阎饬令警务处“撤差惩戒”。


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防疫中最严重的疏漏莫过于分水岭事件。腊月二十三四日，有受雇于省北疫区的脚夫张学儿，从祁县前往沁县购米，回程时路经武乡分水岭一客店，将疫情传开。阎锡山为此给清徐、太谷、平定、祁县、沁县、定襄、浑源、宁武、长子、屯留、长治、辽县、榆社等十三县知事拍发一份措词严厉的电文，通告武乡县知事被撤职一事，并令其在新任知未到任之前，“仍应振作精神，迅速图功。如再因循，定即拿解来省严予惩办”。不仅如此，2月18日，还有一份电报拍给忻县警佐，电文称：

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