解决方法：对PCR产物切胶纯化 ， 再进行测序 。
Q14. poly结构的测序结果是怎样的？答：以下图为 。

31、例：以polyT为例 ， 在polyA/T结构之后往往出现移码现象 ， 而在polyG/C之后会往往导致测序信号的衰减 。
解决办法：使用反向引物对模板进行测序 ， 测到该poly结构处 ， 即可完成模板全长的拼接 。
Q15.含有回文结构的模板测序结果是怎样的？答：以下图为例：位点94至137是一个回文结构 ， 该结构导致后面的信号衰减 ， 出现错误的判读 。
解决方法：使用反向引物对模板进行测序 ， 测到该回文结构处 ， 即可完成模板全长的拼接 。
手把手教您看测序图(From: HTUTUUUTTH )一般来说 ， 我们只需把测序序列结果和原有的目的序列结果进行比对（Blast）就行了 ， 如果序列百分之百吻合 ， 或者所需要的突变点（片段）成功 。

32、突变或插入片段成功插入 ， 就OVER了 。
关键是测序结果有时候模怜两可 ， 需要我们自己来把握 ， 或者说 ， 为我们自己争取不付费的权利 。
测序看图文件有吧？没有就下载这个：点击浏览该文件1.安装好看图软件后 ， 双击峰图文件就可以打开 ， 没有序列文件？那下一个吧：点击浏览该文件打开峰图文件 ， 依据图形初步判定测序质量 ， 这个图一般般 ， 头峰杂度比较大 ， 至少前50bp序列不可信 。
2. 既然峰形不错由此初步判定测序结果可信 ， 那就来比比测序结果与我们预期的有什么差异吧.当我们打开图形文件的时候 ， 我们也可以输出测出来的序列 ， 就是export啦 ， 如下图 ， port后能得到文本形式的序列结果不过俺一般习惯了用ultra-edit ， 直 。

33、接双击测序公司提供的序列文件 ， 它是这样显示的：我说 ， 您还是别用了 ， 俺当初是用ultra-edit处理一些其它数据（当然是word/notebook等无法胜任的数据）时 ， 发现它还可以打开*.seq文件 ， 于是就一直用过来了3.关于序列比对 ， 没有太多好说的吧 。
假设原有序列为A文件 ， 测序结果为B文件 ， 例如 ， 在DNA工具软件genetool中打开B ， 通过调用工具（上图） ， 进入Blast程序(说这个是Blast程序有点牵强 ， 其实是同源性比较 ， 其实质不就是Blast的嘛 ， 哈哈) 。
加上原序列文件A之后 ， 就直接按align all button啦这个就是比对结果：4、峰图头尾测序结果的不可靠性：头尾的问题 ， 很多 。

34、测序公司都明确标出了头尾各80-100bp序列的不可靠性 ， 这是测序起始信号与终止信号不稳定的体现 ， 就如同一个跑步一样 ， 发力起跑与力衰止跑之时 ， 速度是不稳定的 ， 无法用来衡量其跑步速度.但俺见识过一家测序公司的测序结果 ， 既使是头尾区 ， 其结果也是可信的 ， 但总体测序长度不够长 ， 可能是用其它软件进行了掐头去尾之后移花接木的处理吧！这里要强调一点的是 ， 有时候测序公司给出的是反向测序结果 ， 简单的align得不到匹配结果 ， 这时 ， 你千万不要急着骂测序公司 ， 试试把测序结果reverse 或reverse complement一下再进行align ， 也许会有预期的结果(见过不少这样的朋友 ， 其实仍然只能怪我们自己_)5 。

35、.干扰峰与结果判读这个峰是作出来的 ， 线条有点粗 ， 将就说事 。
第一个峰 ， 重叠干扰 。
如果不判读为干扰峰 ， 那就说明样品不纯 ， 如果是基因组DNA ， 就很好地说明了样品为杂合子 ， 该位点可能存在SNP现象（T/G） 。
如果判读为干扰峰 ， 我们只需认定样品此处碱基为T为行了 。
第二个峰 ， 错位干扰 。
如果不判读为干扰峰 ， 则说明样本可能比预期多一个碱基（G） ， 如果判读为干扰峰 ， 我们仍只需认定样品此处碱基为T为行了 。
所谓干扰 ， 前提前件是主峰要清晰、连续 ， 但峰图中莫名其妙多出一条类似或接近于主峰清晰程度的峰线 ， 但这种峰线往往是不平滑、不连续的 ， 这是干扰峰判读的重点！6、SNP的判读做SNP的人不少 ， AFLP仍然是一种经济、适用 。

36、的方法之一 。
AFLP的结果多需要用测序来进行验证 ， 但似乎以测序来验证结果的人并不多 ， 或者说验证一二个样本就完了 ， 其实这样并不科学 ， 还是多验证几个吧 ， 证据多了 ， 没人会说我们少了 ， 但证据少了 ， 我们自己说话都没底气 ， 何苦自己给自己添乱呢？前面说了干扰峰的判读 ， 其特征是峰线不平滑、不连续 ， 而SNP峰图跟主峰图一样 ， 是连续的平滑峰线 ， 且不存在错位！见下图：6、双峰、杂峰与乱峰、高GC片段测序：双峰 ， 图形上接近于SNP峰形 ， 但碱基无法正确判读 ， 通常以一连串N代表 ， 仅有个别位置能正确判读出碱基 。

稿源：(未知)

【傻大方】网址：/a/2021/0813/0023655374.html

标题：DNA|DNA测序常见问题及其分析( 六 )