碱基编辑的出现使得CRISPR-Cas系统在碱基转换方面的效率大大提高，并有望矫正与疾病相关的碱基突变。

失去活性的Cas9 （dCas9）结合不同的DNA调节蛋白，可以调控基因表达活性或染色质状态（图2）。如结合TET1（DNA甲基化羟化酶）可以特异性催化DNA的去甲基化，从而调节基因的表达。RNA调节蛋白也可通过与失活的Cas13蛋白结合实现对RNA的调控（图2）。若将调节蛋白换成荧光蛋白，可以对特定DNA或RNA分子进行实时成像（图2）。

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图2.CRISPR-Cas系统的应用

此外，有研究发现Cas13 和Cas12a蛋白在切割靶序列之后，可任意切割细胞内其他RNA或单链DNA（collateral cleavage）。基于这一特点，张锋团队开发出了病毒检测系统，命名为“SHERLOCK”（Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOKing）

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